หน้าแรก>แหล่งข้อมูลการสร้างเว็บไซต์>ข้อมูลเว็บไซต์
ดาวน์โหลด

Workflowr: จัดระเบียบ + ทำซ้ำได้ + วิทยาศาสตร์ข้อมูลที่แชร์ได้ใน R

แพ็คเกจเวิร์กโฟลว์ R ช่วยให้นักวิจัยจัดระเบียบวิเคราะห์ในลักษณะที่ส่งเสริมการจัดการโครงการที่มีประสิทธิภาพการทำซ้ำการทำงานร่วมกันและการแบ่งปันผลลัพธ์ WorkflowR รวมการเขียนโปรแกรมที่มีความรู้ (KNITR และ RMARKDOWN) และการควบคุมเวอร์ชัน (GIT, ผ่าน GIT2R) เพื่อสร้างเว็บไซต์ที่มีผลลัพธ์ที่ได้รับการประทับเวลาและบันทึกไว้ ผู้ใช้ R ทุกคนสามารถใช้เวิร์กโฟลว์ได้อย่างรวดเร็วและง่ายดาย

สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมดูเอกสารประกอบออนไลน์ ตัวอย่างเช่นดูโครงการสำรวจข้อมูล Divvy ในการสำรวจโครงการวิจัยที่ทำซ้ำได้อำนวยความสะดวกโดยเวิร์กโฟลว์ให้เรียกดูโครงการที่ลงทะเบียนที่ workflowr.io เพื่อให้ทันสมัยกับการพัฒนาเวิร์กโฟลว์ล่าสุดโปรดเข้าร่วมรายชื่อผู้รับจดหมายเปิดรับเวิร์กโฟลว์ (ปริมาณต่ำอ่านอย่างเดียว) สำหรับรายงานข้อบกพร่องคำขอคุณสมบัติและคำถามโปรดเปิดปัญหา

  • คุณสมบัติ
  • การติดตั้ง
  • เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว
  • การระบุแหล่งที่มา
  • การบริจาค

คุณสมบัติ

  • เป็นระเบียบ
    • จัดเตรียมเทมเพลตโครงการพร้อมไดเรกทอรีย่อยที่จัดระเบียบ
    • ผสมรหัสและผลลัพธ์กับ R markdown
    • ใช้ GIT เป็นเวอร์ชันทั้งซอร์สโค้ดและผลลัพธ์
  • ทำซ้ำได้
    • แสดงเวอร์ชันรหัสที่ใช้ในการสร้างแต่ละผลลัพธ์
    • รันการวิเคราะห์แต่ละครั้งในเซสชั่น R ที่แยกได้
    • บันทึกข้อมูลเซสชันของการวิเคราะห์แต่ละครั้ง
    • ตั้งค่าเมล็ดเดียวกันสำหรับการสร้างตัวเลขแบบสุ่มสำหรับการวิเคราะห์แต่ละครั้ง
  • ซึ่งแบ่งปันได้
    • สร้างเว็บไซต์เพื่อนำเสนอผลการวิจัยของคุณ
    • เอกสารวิธีโฮสต์เว็บไซต์ของคุณฟรีผ่านหน้า gitHub หรือหน้า gitlab
    • สร้างลิงก์ไปยังผลลัพธ์ที่ผ่านมา

หากต้องการดูเว็บไซต์เวิร์กโฟลว์ในการดำเนินการดูการสาธิตวิดีโอนี้

สำหรับเครื่องมือที่เกี่ยวข้องดูที่ R-Project-Workflows

การติดตั้ง

  1. ติดตั้ง r

    • (แนะนำ) ติดตั้ง rstudio

    • (ไม่บังคับ) ติดตั้ง pandoc (คำแนะนำ)

    • (ไม่บังคับ) ติดตั้ง Git

  2. ติดตั้ง Workflowr จาก Cran: 

    install.packages( " workflowr " )

  3. สร้างบัญชีบน gitHub หรือ gitlab

เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว 

 library("workflowr")

# Configure Git (only need to do once per computer)
wflow_git_config(user.name = "Full Name", user.email = "email@domain")

# Start a new workflowr project
wflow_start("myproject")

# Build the site
wflow_build()

# Customize your site!
#   1. Edit the R Markdown files in analysis/
#   2. Edit the theme and layout in analysis/_site.yml
#   3. Add new or copy existing R Markdown files to analysis/

# Preview your changes
wflow_build()

# Publish the site, i.e. version the source code and HTML results
wflow_publish("analysis/*", "Start my new project")

ขั้นตอนต่อไป:

  1. อ่านบทความสั้น ๆ ที่เริ่มต้นใช้งานเพื่อเรียนรู้วิธีแบ่งปันผลลัพธ์ของคุณทางออนไลน์ หรือคุณสามารถอ่านบทความเวิร์กช็อปการวิจัยที่ทำซ้ำได้ ครอบคลุมขั้นตอนเดียวกัน แต่มีรหัสตัวอย่างและข้อมูลเพื่อแสดงคุณสมบัติการทำซ้ำของเวิร์กโฟลว์

  2. อ่าน Vignette การปรับแต่งสำหรับแนวคิดเกี่ยวกับวิธีการปรับแต่งเว็บไซต์การวิจัยของคุณ

  3. อ่านบทความสั้น ๆ สำหรับวิธีการรวมเวิร์กโฟลว์เข้ากับโครงการที่มีอยู่ของคุณ

การระบุแหล่งที่มา

Workflowr ได้รับการพัฒนาและได้รับการดูแลโดย John Blischak นักวิจัยหลังปริญญาเอกในห้องปฏิบัติการของ Matthew Stephens ที่มหาวิทยาลัยชิคาโก เขาได้รับเงินทุนจากมูลนิธิ Gordon และ Betty Moore ถึง MS Peter Carbonetto และ Matthew Stephens เป็นผู้เขียนร่วม

เราขอขอบคุณผู้สนับสนุนเวิร์กโฟลว์ที่ช่วยปรับปรุงแพ็คเกจ นอกจากนี้เรายังขอขอบคุณสำหรับผู้ใช้ Workflowr สำหรับการทดสอบแพ็คเกจและให้ข้อเสนอแนะ --- ขอบคุณโดยเฉพาะอย่างยิ่งกับ Lei Sun, Xiang Zhu, Wei Wang และสมาชิกคนอื่น ๆ (อดีตและปัจจุบัน) ของ Stephens Lab

แพ็คเกจเวิร์กโฟลว์ใช้แพ็คเกจโอเพนซอร์สที่ยอดเยี่ยมมากมาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งสิ่งสำคัญสำหรับโครงการนี้คือแพ็คเกจ R Git2r, Knitr และ Rmarkdown โปรดดูบทความว่าแพคเกจเวิร์กโฟลว์ทำงานอย่างไรเพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับซอฟต์แวร์ที่ทำให้เวิร์กโฟลว์เป็นไปได้

WorkflowR มีให้ภายใต้ใบอนุญาต MIT สำหรับการระบุแหล่งที่มาที่เหมาะสมโปรดอ้างอิงต้นฉบับของเราที่อธิบายซอฟต์แวร์:

Blischak JD, Carbonetto P และ Stephens M. การสร้างและแบ่งปันรหัสการวิจัยที่ทำซ้ำได้วิธีการเวิร์กโฟลว์ [เวอร์ชัน 1; การตรวจสอบโดยเพื่อน: 3 ได้รับการอนุมัติ] F1000Research 2019, 8: 1749 (https://doi.org/10.12688/f1000Research.20843.1)

หากต้องการรับรายการ BibTex โปรดเรียกใช้ citation("workflowr") โปรดทราบว่า F1000Research เผยแพร่ไม่เพียง แต่เวอร์ชันดั้งเดิม แต่ยังรวมถึงการแก้ไขใด ๆ หากต้องการตรวจสอบเวอร์ชันล่าสุดโปรดไปที่ URL ของกระดาษ

การบริจาค

เรายินดีต้อนรับการมีส่วนร่วมของชุมชนโดยเฉพาะอย่างยิ่งการปรับปรุงเอกสาร ในการเริ่มต้นโปรดอ่านแนวทางที่มีส่วนร่วม นอกจากนี้โปรดทราบว่าโครงการนี้ได้รับการปล่อยตัวด้วยรหัสผู้สนับสนุน โดยการเข้าร่วมในโครงการนี้คุณตกลงที่จะปฏิบัติตามข้อกำหนดของมัน

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด