ikarus

อิคารุส

Ikarus เป็นไปป์ไลน์การเรียนรู้ของเครื่องแบบขั้นตอนที่พยายามรับมือกับงานที่แยกแยะเซลล์เนื้องอกจากเซลล์ปกติ การใช้ประโยชน์จากชุดข้อมูลเซลล์เดียวที่มีคำอธิบายประกอบหลายชุดสามารถใช้เพื่อกำหนดชุดยีนที่เฉพาะเจาะจงกับเซลล์มะเร็ง อย่างแรกชุดยีนหลังใช้ในการจัดอันดับเซลล์จากนั้นฝึกอบรมตัวจําแนกโลจิสติกสำหรับการจำแนกประเภทที่แข็งแกร่งของเนื้องอกและเซลล์ปกติ ในที่สุดความไวจะเพิ่มขึ้นโดยการเผยแพร่ฉลากเซลล์ตามเครือข่ายเซลล์เซลล์ที่กำหนดเอง Ikarus ได้รับการทดสอบในชุดข้อมูลเซลล์เดียวหลายชุดเพื่อตรวจสอบว่ามันมีความไวสูงและความจำเพาะสูงในบริบทการทดลองหลายอย่าง โปรดค้นหาข้อมูลเพิ่มเติมในสิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวข้อง

การติดตั้ง

ปัจจุบัน Ikarus รองรับ python>=3.8 และสามารถติดตั้งได้จาก PYPI:

 pip ติดตั้ง ikarus

การเปลี่ยนแปลงสามารถติดตั้งสาขาหลักของ Ikarus ได้โดยตรงจาก GitHub:

 python -m pip ติดตั้ง git+https: //github.com/bimsbbioinfo/ikarus.git

การใช้งาน

ตัวเลือกที่ง่ายที่สุดในการเริ่มต้นคือการใช้รายการเนื้องอก/ยีนปกติที่ให้มา

 จากตัวจําแนกนำเข้า Ikarus

model = classifier.ikarus (signatures_gmt = signatures_path)
model.load_core_model (model_path)
การทำนาย = model.predict (test_adata, 'test_name')

ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการฝึกอบรมแบบจำลองหรือวิธีการสร้างรายการยีนของตัวเองมีให้ในสมุดบันทึกการสอน

สมุดบันทึกตัวอย่าง
การเตรียมข้อมูลและการทำนายขั้นพื้นฐาน