ikarus

إيكاروس

Ikarus هو خط أنابيب للتعلم الآلي التدريجي الذي يحاول التعامل مع مهمة تمييز الخلايا السرطانية عن الخلايا الطبيعية. الاستفادة من مجموعات بيانات خلايا واحدة مشروحة متعددة يمكن استخدامها لتحديد مجموعة الجينات الخاصة بالخلايا السرطانية. أولاً ، يتم استخدام مجموعة الجينات الأخيرة في تصنيف الخلايا ثم تدريب مصنف لوجستي للتصنيف القوي للورم والخلايا الطبيعية. أخيرًا ، يتم زيادة الحساسية عن طريق نشر ملصقات الخلايا استنادًا إلى شبكة خلايا الخلايا المخصصة. يتم اختبار Ikarus على مجموعات بيانات خلايا واحدة متعددة للتأكد من أنه يحقق حساسية عالية وخصوصية في سياقات تجريبية متعددة. يرجى العثور على مزيد من المعلومات في المنشور المقابل.

تثبيت

يدعم Ikarus حاليًا python>=3.8 ، ويمكن تثبيته من Pypi:

 PIP تثبيت Ikarus

على نحو تغيير ، يمكن للمرء تثبيت فرع Ikarus الرئيسي مباشرة من Github:

 Python -M Pip تثبيت Git+https: //github.com/bimsbbioinfo/ikarus.git

الاستخدام

أسهل خيار للبدء هو استخدام قوائم الجينات/الجينات العادية المقدمة والنموذج المسبق:

 من مصنف استيراد Ikarus

النموذج = ClassIfier.ikarus (التوقيعات_جت = التوقيعات _path)
model.load_core_model (model_path)
التنبؤات = نموذج.

يتم توفير مزيد من المعلومات حول كيفية تدريب نموذج أو كيفية إنشاء قوائم الجينات الخاصة في دفتر الملاحظات التعليمية.

مثال دفاتر الملاحظات
إعداد البيانات والتنبؤ الأساسي