semrep

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프로젝트 제목

SEMREP 예측의 사실 점검

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설명

이 프로젝트는 변압기 기반 언어 모델을 다루기 위해 SEMMEDDB의 다음 하위 집합에 속하는 예측을 필터링합니다.

• interacts_with
• 자극
• 억제합니다

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저자 정보

MD Rakibul Islam Prince Prince Graduate Research Indiana University-Purdue University Indianapolis 이메일 : [email protected]

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패키지 설치

처음에는 결과를 재편성하기 위해 모든 필수 패키지를 설치해야합니다. "semrepenv.yml"yaml 파일은 내가 사용한 콘다 환경을 캡슐화합니다.

달리다

콘다는 -f semrepenv.yml을 생성합니다
Conda는 Semrepenv를 활성화합니다
또는,
PIP 설치 -R 요구 사항 .txt

스크립트 나 노트북을 실행하기 전에 환경을 설치합니다. 또는 "요구 사항 .txt"파일에서 패키지를 수동으로 설치할 수 있습니다.

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프로젝트 구조 및 설명

/SEMREP
├ 착수 /데이터
│ ││ 대통령 _interactions.csv
│ │ │─퀴 extrance_interactions_cleaned.csv
├ ── /로그
bert_logfile.log
biobert_logfile.log
│ │ ─신 ... ...
├ 착수 /모델
semrep_simple_bert_model
semrep_simple_biobert_model
│ │ ─신 ... ...
plots
Bert_cat_arg_dis_impact_all.png
Bert_cat_arg_dis_impact_verbal.png
Bert_cum_arg_dis_impact_all.png
Bert_cum_arg_dis_impact_verbal.png
Bert_precision_recall_curve_all.png
Bert_precision_recall_curve_verbal.png
Bert_Roc_curve.png
Bert_sub_obj_heatmap_all.png
Bert_sub_obj_heatmap_verbal.png
│ │ ─신 ... ...
├ ─) /결과
Bert_test_set_0_results.csv
Val_bert_results.csv
Test_bert_results.csv
│ │ ─신 ... ...
├ ─) /SRC
semrep_model.ipynb
│ │ ─신 utils.py
├ ── readme.txt
├ ─) 요구 사항 .txt
semrepenv.yml

아래는이 프로젝트의 주요 파일 및 폴더에 대한 개요입니다.

• `data/': 원시 및 처리 된 데이터 파일이 저장되는 디렉토리.

• `data/substance_interactions.csv ': 원시 데이터 파일

• `data/substance_interactions_cleaned.csv ': 처리 및 청소 데이터 파일

• logs/ : 각 모델의 로그를 포함하는 디렉토리.

• logs/<model_name>_logfile.log : model <model_name>의 로그 파일

• models/ : 모델의 미세한 검문소가 포함 된 디렉토리.

• plots/ : 분석 중 생성 된 모든 플롯을 포함하는 디렉토리.

• results/ : 테스트 및 유효성 검사 결과가 설치되는 디렉토리.

• src/ : 모델 노트 및 스크립트를 포함하는 디렉토리.

• src/semrep_model.ipynb : 프로젝트의 전체 구획을 자세히 설명하는 노트북

• src/utils.py : 데이터 분석 시각화 작업에 사용되는 스크립트

• `readme.txt ': Codebase의 설명을 자세히 설명하는 파일.

• `re imponimal.txt ': 파일 세부 사항 필요한 패키지.

• `semrepenv.yml ': 환경 재현을위한 파일.