napari spatialdata
0.5.3
Este repositorio contiene un complemento de napari para explorar y anotar objetos SpatialData de forma interactiva. Aquí puede encontrar la documentación de napari-spatialdata. napari-spatialdata es parte del ecosistema SpatialData . Para obtener más información sobre SpatialData, consulte la documentación de datos espaciales.
Puedes instalar napari-spatialdata a través de pip:
pip install napari-spatialdata[all]
El comando all instalará los enlaces qt PyQt5 .
Puede encontrar más detalles sobre esto en las instrucciones de instalación.
Si desea utilizar el complemento como lector zarr predeterminado, en napari vaya a File -> Preferences -> Plugins y siga las instrucciones en File extension readers .
Puedes instalar napari-spatialdata desde Github con:
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
O también puede instalar en modo editable después de clonar el repositorio de la siguiente manera:
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .
Nota: al realizar una instalación editable de napari-spatialdata , spatialdata se reinstalará desde pip . Por lo tanto, si anteriormente también realizó una instalación editable de spatialdata , debe volver a ejecutar pip install -e . en el repositorio spatialdata . Encuentre más detalles sobre esto en las instrucciones de instalación.
Para aprender a utilizar el complemento napari-spatialdata , consulte la documentación. Para aprender cómo integrar napari-spatialdata en sus flujos de trabajo de análisis, consulte los tutoriales de SpatialData. En particular:
Anotar regiones de interés con napari
Utilice anotaciones de puntos de referencia para alinear varias capas ómicas
Las contribuciones son muy bienvenidas. Las pruebas se pueden ejecutar con tox; asegúrese de que la cobertura al menos permanezca igual antes de enviar una solicitud de extracción.
Distribuido bajo los términos de la licencia BSD-3, "napari-spatialdata" es un software gratuito y de código abierto.
Si tiene algún problema, presente un problema junto con una descripción detallada.
Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA et al. SpatialData: un marco de datos abierto y universal para ómicas espaciales. Métodos Nat (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
