napari spatialdata

napari-spatialdata: Interaktive Erkundung und Annotation räumlicher Omics-Daten

Dieses Repository enthält ein Napari-Plugin zum interaktiven Erkunden und Kommentieren von SpatialData-Objekten. Hier finden Sie die Dokumentation zu napari-spatialdata. napari-spatialdata ist Teil des SpatialData Ökosystems. Weitere Informationen zu SpatialData finden Sie in der Dokumentation zu SpatialData.

Installation

Sie können napari-spatialdata über pip installieren:

pip install napari-spatialdata[all]

Der Befehl all installiert die QT-Bindungen PyQt5 .

Weitere Details hierzu finden Sie in der Installationsanleitung.

Verwendung von Napari-Spatialdata als Standard-Zarr-Reader

Wenn Sie das Plugin als Standard-Zarr-Reader verwenden möchten, gehen Sie in Napari bitte zu File -> Preferences -> Plugins und folgen Sie den Anweisungen unter File extension readers .

Entwicklungsversion

Sie können napari-spatialdata von Github installieren mit:

pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata

Alternativ können Sie die Installation auch im bearbeitbaren Modus durchführen, nachdem Sie das Repo geklont haben:

git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .

Hinweis: Wenn Sie eine bearbeitbare Installation von napari-spatialdata durchführen, werden spatialdata von pip neu installiert. Wenn Sie also zuvor auch eine bearbeitbare Installation von spatialdata vorgenommen haben, müssen Sie pip install -e . auf dem spatialdata -Repository. Weitere Details hierzu finden Sie in der Installationsanleitung.

Erste Schritte

Informationen zur Verwendung des napari-spatialdata Plugins finden Sie in der Dokumentation. Um zu erfahren, wie Sie napari-spatialdata in Ihre Analyse-Workflows integrieren, sehen Sie sich bitte die SpatialData-Tutorials an. Insbesondere:

• Kommentieren von interessanten Regionen mit Napari

• Verwenden Sie Markierungsanmerkungen, um mehrere Omics-Ebenen auszurichten

Mitwirken

Beiträge sind herzlich willkommen. Tests können mit Tox durchgeführt werden. Bitte stellen Sie sicher, dass die Abdeckung mindestens gleich bleibt, bevor Sie eine Pull-Anfrage senden.

Lizenz

„napari-spatialdata“ wird unter den Bedingungen der BSD-3-Lizenz vertrieben und ist eine kostenlose Open-Source-Software

Probleme

Wenn Sie auf Probleme stoßen, reichen Sie bitte ein Problem zusammen mit einer detaillierten Beschreibung ein.

Zitat

Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA et al. SpatialData: ein offenes und universelles Datenframework für räumliche Omics. Nat-Methoden (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x