AItrika
1.0.0
增強您在醫學研究方面的知識。
Aitrika（以前是Pubgpt ）是一種工具，可以以一種簡單的方式提取大量相關信息：
等等！
您可以通過運行：
streamlit run app.py
或者，您可以通過運行：
python main.py
要安裝所有內容，您需要uv 。
首先，使用命令安裝uv ：
python main.py
之後，使用命令創建虛擬環境：
uv venv venv_name
激活虛擬env：
source venv_name/bin/activate
並安裝依賴項：
uv pip install -r requirements.in
為了設置API鍵，請將您的密鑰插入env.example文件並將其重命名為.env 。
您可以通過通過PubMed ID來輕鬆獲取論文的信息：
from aitrika . engine . aitrika import OnlineAItrika
aitrika_engine = OnlineAItrika ( pubmed_id = pubmed_id )
title = aitrika_engine . get_title ()
print ( title )或者您可以解析本地PDF：
from aitrika . engine . aitrika import LocalAItrika
aitrika_engine = LocalAItrika ( pdf_path = pdf_path )
title = aitrika_engine . get_title ()
print ( title ) Breast cancer genes: beyond BRCA1 and BRCA2.
您可以獲得其他信息，例如基因和疾病之間的關聯：
associations = aitrika_engine . get_associations () [
{
"gene": "BRIP1",
"disease": "Breast Neoplasms"
},
{
"gene": "PTEN",
"disease": "Breast Neoplasms"
},
{
"gene": "CHEK2",
"disease": "Breast Neoplasms"
},
]
...
或者，您可以獲得一個不錯的格式數據框架：
associations = aitrika_engine . associations ( dataframe = True ) gene disease
0 BRIP1 Breast Neoplasms
1 PTEN Breast Neoplasms
2 CHEK2 Breast Neoplasms
...
借助抹布的力量，您可以查詢文檔：
## Prepare the documents
documents = generate_documents ( content = abstract )
## Set the LLM
llm = GroqLLM ( documents = documents , api_key = os . getenv ( "GROQ_API_KEY" ))
## Query your document
query = "Is BRCA1 associated with breast cancer?"
print ( llm . query ( query = query )) The provided text suggests that BRCA1 is associated with breast cancer, as it is listed among the high-penetrance genes identified in family linkage studies as responsible for inherited syndromes of breast cancer.
或者您可以提取其他信息：
results = engine . extract_results ( llm = llm )
print ( results ) ** RESULTS **
- High-penetrance genes - BRCA1, BRCA2, PTEN, TP53 - responsible for inherited syndromes
- Moderate-penetrance genes - CHEK2, ATM, BRIP1, PALB2, RAD51C - associated with moderate BC risk
- Low-penetrance alleles - common alleles - associated with slightly increased or decreased risk of BC
- Current clinical practice - high-penetrance genes - widely used
- Future prospect - all familial breast cancer genes - to be included in genetic test
- Research need - clinical management - of moderate and low-risk variants
要運行Aitrika API，請按照以下步驟：
確保您已經設置了環境，並如安裝部分所述安裝了所有依賴關係。
使用以下命令運行API服務器：
python api.pyAPI將開始在http://0.0.0.0:8000上運行。您現在可以向各種端點提出請求：
您可以使用Curl，Postman或任何HTTP客戶端等工具與API進行交互。例如：
curl -X POST " http://localhost:8000/abstract " -H " Content-Type: application/json " -d ' {"pubmed_id": 12345678} ' API文檔將自動生成並保存到docs/api-reference/openapi.json 。您可以將此文件與Swagger UI之類的工具一起使用，以獲得更具交互性的API探索體驗。
如果您覺得這個項目有用，請考慮支持它：
如果您在商業或商業環境中使用此項目，請與我聯繫。
我可以諮詢，定制開發或商業許可。
您的支持有助於使該項目保持活躍並不斷改進。謝謝你！
Aitrika已獲得Apache 2.0許可證的許可。有關更多詳細信息，請參見許可證文件。
