เซิร์ฟเวอร์อย่างเป็นทางการของ Ninja Must Die 3 และเซิร์ฟเวอร์ช่องสัญญาณสามารถทำงานร่วมกันได้ ผู้เล่นบนเซิร์ฟเวอร์อย่างเป็นทางการสามารถเล่นกับเพื่อน ๆ บนเซิร์ฟเวอร์ช่องสัญญาณได้ อย่างไรก็ตาม บัญชีบนเซิร์ฟเวอร์อย่างเป็นทางการไม่สามารถเข้าสู่ระบบบนเซิร์ฟเวอร์ช่องสัญญาณได้ และบัญชีบนเซิร์ฟเวอร์ช่องสัญญาณไม่สามารถทำได้ เข้าสู่ระบบบนเซิร์ฟเวอร์อย่างเป็นทางการ แม้ว่าการเล่นเกมจะใช้งานร่วมกันได้ แต่ข้อมูลยังคงค่อนข้างเป็นอิสระ
ใน Ninja Must Die 3 มีตัวละครเอก 5 ตัวในเกม ซึ่งมีความสามารถและคุณสมบัติที่แตกต่างกัน นินจามีสองโรงเรียนที่แตกต่างกัน โรงเรียนที่แตกต่างกันมีนินจาที่เป็นอิสระและสายความสามารถที่สอดคล้องกันสามารถเปลี่ยนโรงเรียนได้ในระหว่างการต่อสู้ นินจาสองโรงเรียนสามารถพกพาสมบัติชิ้นเดียวกันได้ แต่อาวุธไม่สามารถสืบทอดได้
หมายเหตุสำหรับผู้เล่น Ninja Must Die 3
ผู้เล่นควรให้ความสนใจเมื่อเล่น Ninja Must Die 3 อาวุธในเกมนี้มักจะได้รับจากหีบสมบัติในห้างสรรพสินค้า หีบสมบัติเงินสามารถรับอาวุธระดับ N~R และหีบสมบัติทองคำสามารถรับอาวุธระดับ R~SSR นอกจากนี้ผู้เล่นยังสามารถได้รับอาวุธจากกิจกรรมบางอย่างอีกด้วย อาวุธสามารถแตกออกเป็นกระดูกได้ และผู้เล่นสามารถแลกเปลี่ยนกระดูกเป็นประแจ อาวุธระดับ SR/SSR ค้อนที่ได้รับการปรับปรุง และอุปกรณ์ประกอบฉากอื่นๆ ในร้านค้าเฉพาะ