ดาวน์โหลด MOVIS - ดาวน์โหลดซอร์สโค้ด MOVIS

MOVIS

ข้อมูลเว็บไซต์

v1.1.0: Post-review release

ดาวน์โหลด

การเคลื่อนไหว

เครื่องมือวิเคราะห์ข้อมูลและการสร้างภาพข้อมูลสำหรับชุดข้อมูลแบบหลายอมิกส์อนุกรมเวลา

ต้นฉบับ

เครื่องมือนี้ถูกสร้างขึ้นสำหรับกระดาษต่อไปนี้:

"Movis: โซลูชันซอฟต์แวร์แบบหลายอมิกส์สำหรับการจัดกลุ่มอนุกรมเวลาหลายโมดอลการฝังและการแสดงภาพงาน" โดย Aleksandar Anžel, Dominik Heider และ Georges Hattab

กรุณาอ้างอิงกระดาษเป็น:

@article{ANZEL20221044,
title = {MOVIS: A multi-omics software solution for multi-modal time-series clustering, embedding, and visualizing tasks},
journal = {Computational and Structural Biotechnology Journal},
volume = {20},
pages = {1044-1055},
year = {2022},
issn = {2001-0370},
doi = {https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.02.012},
url = {https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022000526},
author = {Aleksandar Anžel and Dominik Heider and Georges Hattab},
keywords = {Time-series, Multi-omics, Visualization, Data exploration, Temporal multi-omics, Longitudinal multi-omics},
abstract = {Thanks to recent advances in sequencing and computational technologies, many researchers with biological and/or medical backgrounds are now producing multiple data sets with an embedded temporal dimension. Multi-modalities enable researchers to explore and investigate different biological and physico-chemical processes with various technologies. Motivated to explore multi-omics data and time-series multi-omics specifically, the exploration process has been hindered by the separation introduced by each omics-type. To effectively explore such temporal data sets, discover anomalies, find patterns, and better understand their intricacies, expertise in computer science and bioinformatics is required. Here we present MOVIS, a modular time-series multi-omics exploration tool with a user-friendly web interface that facilitates the data exploration of such data. It brings into equal participation each time-series omic-type for analysis and visualization. As of the time of writing, two time-series multi-omics data sets have been integrated and successfully reproduced. The resulting visualizations are task-specific, reproducible, and publication-ready. MOVIS is built on open-source software and is easily extendable to accommodate different analytical tasks. An online version of MOVIS is available under https://movis.mathematik.uni-marburg.de/ and on Docker Hub (https://hub.docker.com/r/aanzel/movis).}
}

เชิงนามธรรม:

ด้วยความก้าวหน้าล่าสุดในการจัดลำดับและเทคโนโลยีการคำนวณนักวิจัยหลายคนที่มีภูมิหลังทางชีวภาพและ/หรือการแพทย์กำลังผลิตชุดข้อมูลหลายชุดด้วยมิติชั่วคราวที่ฝังอยู่ หลายโมเดลช่วยให้นักวิจัยสามารถสำรวจและตรวจสอบกระบวนการทางชีวภาพและเคมีฟิสิกส์ที่แตกต่างกันด้วยเทคโนโลยีที่หลากหลาย มีแรงบันดาลใจในการสำรวจข้อมูลหลายออมมิกส์และอนุกรมเวลาหลายอมิกส์โดยเฉพาะกระบวนการสำรวจได้รับการขัดขวางโดยการแยกที่แนะนำโดยแต่ละประเภท OMICS ในการสำรวจชุดข้อมูลชั่วคราวอย่างมีประสิทธิภาพค้นพบความผิดปกติค้นหารูปแบบและเข้าใจความซับซ้อนความเชี่ยวชาญด้านวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์และชีวสารสนเทศศาสตร์ได้ดีขึ้น ที่นี่เรานำเสนอ Movis ซึ่งเป็นเครื่องมือการสำรวจหลายรายการแบบโมดูลาร์ซีรีส์ด้วยเว็บอินเตอร์เฟสที่ใช้งานง่ายซึ่งอำนวยความสะดวกในการสำรวจข้อมูลข้อมูลดังกล่าว มันนำมาซึ่งการมีส่วนร่วมเท่ากันในแต่ละชุดเวลา OMIC สำหรับการวิเคราะห์และการสร้างภาพ ณ เวลาของการเขียนชุดข้อมูลหลายชุดเวลาสองชุดได้ถูกรวมเข้าด้วยกันและทำซ้ำได้สำเร็จ การสร้างภาพข้อมูลที่เกิดขึ้นนั้นเป็นงานเฉพาะงานทำซ้ำและพร้อมสิ่งพิมพ์ Movis สร้างขึ้นบนซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ซและสามารถขยายได้ง่ายเพื่อรองรับงานวิเคราะห์ที่แตกต่างกัน Movis เวอร์ชันออนไลน์มีให้ภายใต้ https://movis.movis.mathematik.uni-marburg.de/ และบน Docker Hub (https://hub.docker.com/r/aanzel/movis)

การพึ่งพาอาศัยกัน

รหัสถูกเขียนใน Python 3.8.11 และทดสอบบน Linux โดยติดตั้งไลบรารีต่อไปนี้:

ห้องสมุด	รุ่น
Altair	4.1.0
altair_saver	0.5.0
biopython	1.78
เครื่องถ่อมตัว	4.0.1
นม	1.21.2
แพนด้า	1.3.5
Scikit-learn	1.0.2
คนขี้เกียจ	1.7.3
มีแสงสว่าง	1.5.1
Protobuf	3.19.1
Python-Levenshtein	0.12.2
คลิก	7.1.2

ข้อมูล

ข้อมูลที่ใช้ใน ตัวอย่าง 1 มาจากกระดาษต่อไปนี้:

การบูรณาการข้อมูล Meta-omics อนุกรมเวลาแสดงให้เห็นว่าระบบนิเวศของจุลินทรีย์ตอบสนองต่อการรบกวน , Herold, M. , Martínez Arbas, S. , Narayanasamy, S. et al. Nat Commun 11, 5281 (2020) https://doi.org/10.1038/S41467-020-19006-2

มันถูกเก็บไว้ที่ data/cached/example_1/ในรูปแบบดิบหรือเป็นวัตถุดอง

ข้อมูลที่ใช้ใน ตัวอย่างที่ 2 มาจากกระดาษต่อไปนี้:

การตอบสนอง transcriptomic ระยะสั้นและระยะยาวของ Escherichia coli ไปยังไบโอไซด์: การวิเคราะห์ระบบ , Merchel Piovesan Pereira, B. , Wang, X. , & Tagkopoulos, I. (2020) จุลชีววิทยาที่ใช้และสิ่งแวดล้อม, 86 (14), E00708-20 https://doi.org/10.1128/aem.00708-20

มันถูกเก็บไว้ที่ data/cached/example_2/ในรูปแบบดิบ

รหัส

สคริปต์	คำอธิบาย
แหล่งที่มา/	มีสคริปต์ทั้งหมดที่จำเป็นในการเรียกใช้เครื่องมือ
แหล่งที่มา/main.py	มีรหัสที่สร้างเค้าโครงหลักและเชื่อมต่อทุกหน้า
แหล่งที่มา/home.py	มีรหัสที่สร้างโฮมเพจ
Source/example_1.py	มีรหัสที่สร้างหน้าตัวอย่าง 1
แหล่งที่มา/ตัวอย่าง _2.py	มีรหัสที่สร้างหน้าตัวอย่าง 2
แหล่งที่มา/case_study.py	มีรหัสที่สร้างหน้ากรณีศึกษา
Source/upload.py	มีรหัสที่สร้างหน้าอัปโหลด
Source/Common.py	มีรหัสที่มีฟังก์ชั่นที่แชร์โดยทุกหน้า
Source/Visualize.py	มีรหัสที่มีฟังก์ชั่นที่สร้างการสร้างภาพข้อมูลที่หลากหลายในเครื่องมือนี้

เริ่มต้น

ตรวจสอบหน้า Wiki ของเราสำหรับข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับ Movis และวิธีการใช้งาน

การติดตั้งและทำงาน

มั่นคง

วิธีที่ง่ายที่สุดในการติดตั้งเครื่องมือคือการใช้อิมเมจนักเทียบท่าล่าสุดของเรา:

 docker pull aanzel/movis:latest
docker run --publish 8501:8501 --detach --name movis aanzel/movis:latest

คุณสามารถเริ่มใช้เครื่องมือได้โดยเปิดเว็บเบราว์เซอร์และพิมพ์ใน http: // localhost: 8501/เป็นที่อยู่ หากคุณเรียกใช้คอนเทนเนอร์ Docker คุณต้องใช้ที่อยู่ IP หรือชื่อโฮสต์แทน LocalHost

ไม่มั่นคง

คำเตือน! ใช้ความเสี่ยงของคุณเอง!

นอกจากนี้คุณยังสามารถโคลนที่เก็บนี้สร้างคอนเทนเนอร์ Docker ด้วยตัวเองและเรียกใช้ในพื้นที่ ไม่แนะนำสิ่งนี้เนื่องจากเราอาจแนะนำคุณสมบัติที่ไม่แน่นอนซึ่งอาจไม่สิ้นสุดในการเปิดตัว Movis ครั้งต่อไป ด้านล่างเป็นลำดับของคำแนะนำ (สำหรับระบบที่ใช้ Linux) เพื่อเรียกใช้ Movis เวอร์ชัน ที่ไม่เสถียร :

 git clone https://github.com/AAnzel/MOVIS.git
cd MOVIS
docker build -t movis-local:unstable .
docker run --publish 8501:8501 --detach --name movis movis-local:unstable

คุณสามารถเริ่มใช้เครื่องมือได้โดยเปิดเว็บเบราว์เซอร์และพิมพ์ใน http: // localhost: 8501/เป็นที่อยู่ หากคุณเรียกใช้คอนเทนเนอร์ Docker คุณต้องใช้ที่อยู่ IP หรือชื่อโฮสต์แทน LocalHost