DeepOnto
Minor Update
Документы | GitHub | arxiv | Бумага
Пакет для онтологической инженерии с глубоким обучением.
Новости ?
deeponto.onto.taxonomy . ( v0.9.2 ) openprompt , перемещая ее к дополнительным зависимостям. ( v0.9.1 ) deeponto.onto.taxonomy ; Добавить тип структурного рассуждения. ( v0.8.8 ) deeponto.align.oaei для сценариев в суб-репозитории OAEI-Bio-ML, а также исправление ошибок. ( v0.8.4 ) deeponto.onto.OntologyNormaliser и deeponto.onto.OntologyProjector ( v0.8.0 ). deeponto.subs.bertsubs и deeponto.onto.pruning ( v0.7.0 ). deeponto.probe.ontolama и deeponto.onto.verbalisation ( v0.6.0 ). Проверьте полную изменение изменений и часто задаваемых вопросов. Страница часто задаваемых вопросов сейчас не содержит много информации, но будет обновлена в соответствии с отзывами.
Мы следуем тому, что было реализовано в MOWL, которое использует JPYPE для монтажа виртуальной машины Python и Java (JVM). Пожалуйста, проверьте страницу установки JPYPE для успешной инициализации JVM.
Мы рекомендуем установить Pytorch до установки
В случае, если самая последняя версия Pytorch вызывает любые проблемы несовместимости, используйте следующую команду (с CUDA 11.6 ), известный для работы:
pip install torch torchvision torchaudio --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu116 Основное использование torch.cuda.is_available() возвращает True .
Другие зависимости указаны в setup.cfg и requirements.txt , которые должны быть установлены вместе с deeponto .
# requiring Python>=3.8
pip install deeponto Нам сообщили, что openprompt имеет конфликт с несколькими другими пакетами, которые едва ли могут быть рассмотрены на macOS с M1, поэтому мы теперь устанавливаем его как необязательную зависимость. Тем не менее, это основная зависимость кода Ontolama на deeponto.complete.ontolama . Чтобы использовать Ontolama, установите openprompt отдельно или используйте следующую команду для установки
pip install deeponto[ontolama]Чтобы установить последнюю, вероятно, не выпущенную версию Deeponto, вы можете напрямую установить из репозитория.
pip install git+https://github.com/KRR-Oxford/DeepOnto.gitРисунок: иллюстрация архитектуры Дибонто.
Базовый класс Ontology ] [deeponto.onto.ontology], которая служит основной точкой входа для введения особенности Owlapi, таких как доступ к объектам онтологии, запрос концепций предка/потомков (и родителей/ребенка), удаления сущностей, модификации аксиомов и резации аннотаций. Смотрите быстрое использование при загрузке онтологии. Наряду с этими основными функциональными возможностями, несколько важных подмодулей созданы для улучшения модуля основного модуля, включая следующее:
Онтологические рассуждения ([[ OntologyReasoner ] [Deeponto.onto.ontologyReasoner]): каждый экземпляр
Обрезка онтологии ([[ OntologyPruner ] [Deeponto.onto.ontologyPruner]): этот подмодуль направлен на включение алгоритмов обрезки для извлечения суб-нентологии из входной онтологии. В настоящее время мы реализуем тот, который предложен в [2], который вводит аксиомы подпадения между утвержденными (атомными или сложными) родителями и детьми класса, нацеленного на удаление.
Онтология вербализация ([ OntologyVerbaliser ] [Deeponto.onto.ontologyverbaliser]): Рекурсивная концепция, предложенная в [4], реализуется, которая может автоматически трансформировать сложное логическое выражение в текстовое предложение, основанное на названиях объектов или метках, доступных в онтологии. См. Вербализирующие концепции онтологии.
Проекция онтологии ([[ OntologyProjector ] [DeepOnto.onto.ontologyProjector]): здесь реализован алгоритм проекции, принятый во вставке OWL2VEC* в набор тройков RDF. Соответствующий код изменяется из библиотеки Mowl.
Нормализация онтологии ([ OntologyNormaliser ] [dieponto.onto.ontologynormaliser]): реализованный
Таксономия онтологии ([[ OntologyTaxonomy ] [DeepOnto.onto.ontologyTaxonomy]): таксономия, извлеченная из онтологии, является направленным ациклическим графом для иерархии подпаст, который часто используется для поддержки приложений глубокого обучения на основе графиков.
Отдельные инструменты и ресурсы реализованы на основе основного модуля обработки онтологии. В настоящее время,
Bertmap [1]-это система онтологии, основанную на BERT, первоначально разработанную в репо, но в настоящее время поддерживается в
Bio-ML [2]-это ресурс OM, который использовался в био-ML-пути OAEI. См. Bio-ML: Комплексная документация.
Bertsubs [3] является системой для прогнозирования субъекта онтологии. Мы преобразовали его первоначальный экспериментальный код в этот проект. См. Вывод на подкладку с Bertsubs.
Ontolama [4] является оценкой языковой модели для вывода по поддержанию онтологии. См. Ontolama: Руководство по обзору наборов данных и использование использования наборов данных и подход на основе быстрого зондирования.
HIT (внешний) [6]-это модель иерархии, встраиваемая в результате повторного обучения моделей, похожих на BERT, в гиперболическом пространстве. См. Модели HIT на концентраторе HuggingFace для вариантов и использования.
!!! Лицензия "Лицензия"
Copyright 2021-2023 Yuan He.
Copyright 2023 Yuan He, Jiaoyan Chen.
All rights reserved.
Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
you may not use this file except in compliance with the License.
You may obtain a copy of the License at *<http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0>*
Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
See the License for the specific language governing permissions and
limitations under the License.
Наша система папаера для
Юань Х. Х. Х., Цзяян Чен, Ханг Донг, Ян Хоррокс, Карло Аллокка, Тэхун Ким и Брахманда Сапкота. Deeponto: пакет Python для онтологической инженерии с глубоким обучением. Семантическая паутина, вып. 15, нет. 5, с. 1991-2004, 2024.
!!! кредит "цитирование"
```
@article{he2024deeponto,
author = {He, Yuan and Chen, Jiaoyan and Dong, Hang and Horrocks, Ian and Allocca, Carlo and Kim, Taehun and Sapkota, Brahmananda},
journal = {Semantic Web},
number = {5},
pages = {1991--2004},
title = {DeepOnto: A Python package for ontology engineering with deep learning},
volume = {15},
year = {2024}
}
```
Пожалуйста, сообщите о любых ошибках или запросах, подняв проблему GitHub или отправив электронные письма со стороны сопровождающих (Yuan He или Jiaoyan Chen) через:
