SIQ

Siq

O interrogatório e a qualificação de sequência existem para realizar análises nos dados de sequenciamento direcionados. O SIQ cria um perfil de mutação que pode ser visualizado de forma interativa usando o SiqPlotter. Está escrito em Java para que qualquer pessoa com um computador possa usar este programa para analisar suas seqüências. Projetamos e implementamos essa ferramenta para qualquer pessoa sem experiência em informática para poder analisar dados do NGS.

Para um guia detalhado do usuário, faça o download e leia:

Guia do usuário

Além disso, você pode assistir aos vídeos que fizemos para você facilitar a execução do SIQ:

Tutoriais em vídeo

Se você assistiu a todos os vídeos, leu o guia inteiro do usuário e ainda tem problemas com a execução do SIQ ou a análise de seus dados, faça um problema aqui ou envie-nos um e-mail. Consulte Paper SIQ para obter detalhes de contato.

Para aqueles que preferem seguir ainda mais o ReadMe, incluímos um breve guia do usuário abaixo:

Conteúdo

• Instalação
• Executando o Siq
• Analisando dados com SiqPlotter
• Solução de problemas
• Tutoriais em vídeo

Instalação

• Faça o download do último arquivo java .jar contendo Siq deste repositório aqui

Faça o download do arquivo .jar mais recente deste repositório. Você pode clicar duas vezes e ele deve funcionar diretamente. A única coisa que você precisa é uma versão Java em funcionamento (1.8 ou mais). Certifique-se de instalar uma versão de 64 bits do Java. Baixe e instale Java aqui

NOTA: A maioria dos sistemas operacionais, como MacOS e Windows, desconfia de qualquer arquivo proveniente da Internet. Para MacOS, mantenha 'Controle' + Clique no arquivo JAR para abri -lo. Esta notificação aparece apenas da primeira vez.

Executando o Siq

Quando o SIQ é iniciado, você deve ver a seguinte tela:

O SIQ pode ser usado para analisar o seguinte tipo de dados:

• Sequências Sanger (arquivos .ab1) ( Nota: Somente sequências de Sanger contendo uma única mutação podem ser analisadas )
• Illumina Single and empared-end Data (.fastq ou .fastq.gz arquivos)
• Dados do Pacbio (arquivos .fastq ou .fastq.gz)
• Dados do ONT (arquivos .fastq ou .fastq.gz) Nota: verifique a opção 'Ativar análise de leitura longa (PACBIO/ONT)'

Ao configurar seus experimentos de seqüenciamento direcionados, você geralmente usa dois iniciadores para amplificar seu local de interesse. Além disso, você (opcionalmente) tem sites de destino esperados para seus experimentos. Este é, por exemplo, o caso se você usar o CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI ou qualquer outra enzima para atingir o DNA. Também usamos o SIQ para analisar diferentes locais, como locais de transposão, locais de sequências G-quadruplex. O SIQ usa esses locais para 1) tente identificar alterações de sequência de preferência neste local. 2) Para garantir que seus iniciadores de PCR sejam amplificados a partir do local esperado (consulte os filtros abaixo).

O SIQ tem as possibilidades para a seguinte entrada:

• R1 - Arquivo de sequenciamento (necessário)
• R2 - arquivo de sequenciamento final emparelhado. Se fornecido, o SIQ mesclará R1 e R2 usando flash (opcional)
• Referência - arquivo de referência contendo sua sequência de DNA no formato FASTA. Também precisa conter as seqüências de iniciadores se for fornecido. Mantenha o arquivo de referência pequeno, pois isso determina o tempo de execução do SIQ (necessário)
• Alias ​​- seu nome de amostra (necessário)
• Flanco esquerdo - O trecho do DNA que apenas toca o seu site de destino esperado. Veja abaixo um exemplo gráfico (necessário, veja flancos)
• Flanco direito - O trecho do DNA que apenas toca o seu site de destino esperado. Veja abaixo um exemplo gráfico. No caso de, por exemplo, Cas9 Nickases, isso pode designar o segundo site de destino SGRNA (necessário)
• #Bases Poster Primer - O número de bases que sua sequência lê pelo menos tem que passar no primer para ser incluído como um evento real. Este filtro está lá para garantir que seus primers recozidos no local de destino no DNA (padrão: 5, 0 desativa este filtro)

Configurações opcionais:

• Max Reads to Analyze - O número máximo de leituras que você deseja que o SIQ analise por amostra (0 é ilimitado)
• Suporte Min - O número mínimo que um evento deve ser visto como parte da saída do SIQ (padrão: 2)
• MAX BASE ERRO - O MÁXIMO POR ERRO BASE que é permitido em uma leitura a ser analisada (Padrão: 0,05)
• MAX CPUS - O número máximo de CPUs SIQ pode usar a qualquer momento. Observe que o SIQ usa um máximo de 1 CPU por arquivo (Padrão: All)
• Distância da pesquisa de latas - a distância em relação à junção do evento a ser incluída no espaço de pesquisa para procurar a origem das inserções. A Tins é uma inserção modelada (padrão: 100)

SiqPlotter

Quando o SIQ terminar de analisar suas amostras, isso resultará em um arquivo do Excel. Este arquivo do Excel pode ser carregado e visualizado diretamente pelo SiqPlotter

Carregue para o SiqPlotter

Consulte o guia do usuário ou os tutoriais em vídeo para obter mais detalhes sobre como usar o SiqPlotter.

Solução de problemas

Siq não começa

O problema é provável que você não tenha (a versão correta de Java instalada. Certifique -se de baixar e instalar a mais recente versão Java:

Baixe Java

O SIQ ainda não começa

Inicie o SIQ de dentro de um terminal (prompt de comando no Windows):

1. Inicie um terminal
2. Vá para o diretório onde o arquivo SIQ JAR está (por exemplo, downloads): cd Downloads
3. Inicie o SIQ (neste exemplo, o arquivo é siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Publique a saída como um problema.

O SIQ não funciona em arquivos que precisam de fusão de leituras de extremidade pareada

O flash do programa necessário para o seu sistema operacional parece não estar funcionando. Ao iniciar o SIQ, o Flash é copiado para o diretório em que o SIQ está sendo executado. Pode ser que o programa não funcione para o seu sistema operacional. Por favor, verifique a saída dos seguintes commmands para ver se o flash está funcionando

1. Inicie um terminal
2. Vá para o diretório onde o arquivo SIQ JAR está (por exemplo, downloads): cd Downloads
3. Execute flash como este (Linux/MacOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Se a saída for diferente, poste a saída como um problema. Veja o Guia do Usuário para obter mais opções

Tutoriais em vídeo

Vídeo 1. Baixe e instalando o SIQ

Vídeo 2. Executando o SIQ em seus dados

Vídeo 3. Executando o SIQ com uma referência HDR para detectar edições

Vídeo 4. Opções avançadas do SIQ

Vídeo 5. Analisando dados usando o SiqPlotter