IPhone 6 menjalankan sistem iOS 8, sedangkan Apple 6s dilengkapi dengan sistem iOS 9. Dibandingkan dengan iOS 8, iOS 9 mengalami peningkatan dalam hal optimalisasi kinerja, peningkatan keamanan, dan fitur-fitur baru. Misalnya, iOS 9 memperkenalkan fitur-fitur baru seperti peningkatan pencarian sorotan, aplikasi berita, dan mode daya rendah.
Berkat penggunaan chip A9 di Apple 6s, kecepatan pemrosesan meningkat secara signifikan dibandingkan chip A8 di Apple 6, sehingga lebih lancar saat menjalankan aplikasi atau game berukuran besar. Pada saat yang sama, Apple 6s mendukung fitur aplikasi yang lebih modern, seperti fungsi sentuh 3D, yang memberi pengguna metode yang lebih interaktif dan opsi pengoperasian yang cepat.
Meskipun kamera belakang iPhone 6 dan iPhone 6s sama-sama memiliki 12 juta piksel, Apple 6s telah ditingkatkan dalam hal kualitas perekaman video, kinerja di lingkungan dengan cahaya redup, dan algoritma pemrosesan gambar. IPhone 6s mendukung perekaman video 4k, sedangkan iPhone 6 terbatas pada video HD 1080p. Selain itu, fungsi foto langsung pada Apple 6s juga meningkatkan keseruan dan interaktivitas foto.
Meskipun Apple 6s telah ditingkatkan dari segi perangkat keras, kapasitas baterainya tidak meningkat secara signifikan karena prosesor yang lebih bertenaga dan layar beresolusi lebih tinggi. Oleh karena itu, dalam penggunaan sehari-hari, masa pakai baterai Apple 6s mungkin sedikit lebih rendah dibandingkan Apple 6. Namun, Apple 6s mendukung teknologi pengisian daya yang lebih cepat, sehingga dapat mengurangi waktu tunggu pengisian daya.
Apple 6s juga telah ditingkatkan dari segi keamanan, seperti menambahkan fungsi pengenalan sidik jari Touch ID (jika perangkat dilengkapi dengan fungsi ini). Apple 6 juga mendukung Touch ID, namun dalam hal beberapa fitur keamanan dan teknologi enkripsi yang lebih baru, Apple 6s memiliki keunggulan tertentu.
