openprotein python

OpenProtein-Python

Antarmuka OpenProtein.ai Python menyediakan pustaka yang ramah pengguna untuk berinteraksi dengan API REST OpenProtein.ai, memungkinkan berbagai tugas yang terkait dengan analisis dan pemodelan protein.

Daftar isi

	Alur kerja	Keterangan
0	Quick start	Panduan Mulai Cepat
1	Installation	Pasang panduan untuk Pip dan Conda.
2	Session management	Tinjauan umum dari OpenProtein Python Client & Sistem Pekerjaan Asinkron.
3	Asssay-based Sequence Learning	Meliputi tugas inti seperti unggahan data, pelatihan model & prediksi, dan desain urutan.
4	De Novo prediction & generative models (PoET)	Meliputi penyair, protein LLM untuk penilaian de novo , serta generasi urutan.
5	Protein Language Models & Embeddings	Meliputi metode untuk membuat embedding urutan dengan model hak milik & open-source.

Start cepat

Mulailah dengan ReadMe QuickStart kami! Anda dapat membaca dengan teliti dokumentasi resmi untuk lebih jelasnya!

Instalasi

Untuk menginstal antarmuka Python menggunakan PIP, jalankan perintah berikut:

 pip install openprotein-python

atau dengan conda:

 conda install -c openprotein openprotein-python

Persyaratan

• Python 3.8 atau lebih tinggi.
• Pydantic Versi 1.0 atau lebih baru.
• Meminta versi 2.0 atau lebih baru.
• TQDM versi 4.0 atau lebih baru.
• PANDAS Versi 1.0 atau lebih baru.

Memulai

Baca di bawah untuk panduan cepat-awal, atau lihat dokumen untuk informasi lebih lanjut!

Untuk memulai, buat sesi menggunakan kredensial login Anda.

 import openprotein

# replace USERNAME and PASSWORD with your actual login credentials
session = openprotein.connect(USERNAME, PASSWORD)

Status pekerjaan

Antarmuka menawarkan objek AsyncJobFuture untuk panggilan asinkron, memungkinkan pelacakan status pekerjaan dan pengambilan hasil saat siap. Diberikan masa depan, Anda dapat memeriksa statusnya dan mengambil hasil.

Memeriksa status pekerjaan

Periksa status AsyncJobFuture menggunakan metode berikut:

 future.refresh()  # call the backend to update the job status
future.done()     # returns True if the job is done, meaning the status could be SUCCESS, FAILED, or CANCELLED

Mengambil hasil pekerjaan

Setelah pekerjaan selesai, ambil hasilnya menggunakan metode berikut:

 result = future.wait()     # wait until done and then fetch results

#verbosity is controlled with verbose arg
result = future.get(verbose=True)  # get the result from a finished job

Antarmuka pekerjaan

Pekerjaan daftar

Untuk melihat semua pekerjaan yang terkait dengan setiap sesi, metode berikut tersedia, memberikan opsi untuk memfilter hasil berdasarkan tanggal, jenis pekerjaan, atau status.

 session.jobs.list() 

Mengambil pekerjaan tertentu

Untuk informasi terperinci tentang pekerjaan tertentu, gunakan perintah berikut dengan ID pekerjaan yang sesuai:

 session.jobs.get(JOB_ID)  # Replace JOB_ID with the ID of the specific job to be retrieved

Melanjutkan pekerjaan

Pekerjaan dari alur kerja sebelumnya dapat dilanjutkan dengan menggunakan metode Load_Job yang disediakan oleh setiap API.

 session.load_job(JOB_ID)  # Replace JOB_ID with the ID of the training job to resume

Antarmuka penyair

Antarmuka penyair memungkinkan penilaian, menghasilkan, dan mengambil sekuens menggunakan model penyair.

Urutan skor

Untuk mencetak sekuens, gunakan fungsi skor. Berikan prompt dan daftar pertanyaan. Hasilnya akan menjadi daftar objek Pydantic (urutan, skor).

 prompt_seqs = b'MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN'

prompt = session.poet.upload_prompt(prompt_seqs)

 queries = [
    b'MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN',
    b'MALWMRLLPLLVLLALWGPDPASAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN',
    b'MALWTRLRPLLALLALWPPPPARAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEGPQVGALELAGGPGAGGLEGPPQKRGIVEQCCASVCSLYQLENYCN',
    b'MALWIRSLPLLALLVFSGPGTSYAAANQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYSPKARRDVEQPLVSSPLRGEAGVLPFQQEEYEKVKRGIVEQCCHNTCSLYQLENYCN',
    b'MALWMRLLPLLALLALWAPAPTRAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEDLQVRDVELAGAPGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN',
]

 future = session.poet.score(prompt, queries)
result = future.wait()
# result is a list of (sequence, score) pydantic objects

Mencetak varian situs tunggal

Untuk mencetak varian situs tunggal, gunakan single_site function , memberikan urutan asli dan pengaturan prompt_is_seed ke true jika prompt adalah urutan benih.

 sequence = "MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN"
future = session.poet.single_site(prompt, sequence, prompt_is_seed=True) 
result = future.wait()
# result is a dictionary of {variant: score}

Menghasilkan Urutan

Untuk menghasilkan urutan dari model penyair, gunakan fungsi generate dengan parameter yang relevan. Hasilnya akan menjadi daftar sampel yang dihasilkan.

 future = session.poet.generate(
    prompt,
    max_seqs_from_msa=1024,
    num_samples=100,
    temperature=1.0,
    topk=15
)
samples = future.wait()

Mengambil urutan input

Anda dapat mengambil urutan prompt, MSA, atau seed untuk pekerjaan penyair menggunakan fungsi get_input atau fungsi individu untuk setiap jenis.

 future.get_input(INPUT_TYPE)
# or, functions for each type
future.get_prompt()
future.get_msa()
future.get_seed()

Lihat lebih banyak di beranda kami