spatialdata workshops

Lokakarya: pengenalan kerangka SpatialData

Menginstal paket yang diperlukan

Menggunakan conda / mamba

Kami akan menggunakan conda atau mamba (lebih cepat) sebagai manajer paket di sini, tergantung pada apa yang diinstal pada pengajaran. Hal ini memungkinkan untuk mengatur seluruh lingkungan dengan satu perintah.

1. buat lingkungan conda dari file environment.yaml

    # it's recommended to use mamba for faster installation, or set libmamba as the default solver
   # conda config --set solver libmamba
   conda env create -f environment.yaml -y
   
   # alternatively, if you already have a conda environment you'd like to use, you can update it like this
   conda env update --name myenv --file environment.yaml --prune

2. mengaktifkan lingkungan

   conda activate spatialdata-workshop

3. daftarkan lingkungan conda di Jupyter

   python -m ipykernel install --user --name spatialdata-workshop --display-name " Python (SpatialData Workshop) "

4. Opsional: Atur pelengkapan otomatis di dalam Jupter Notebooks

   pip install jupyter_tabnine
   jupyter contrib nbextension install --user
   jupyter nbextension install --py jupyter_tabnine --user
   jupyter nbextension enable --py jupyter_tabnine --user
   jupyter serverextension enable --py jupyter_tabnine --user

5. Jika suatu saat Anda mengubah environment.yaml dan ingin memperbarui lingkungan, Anda dapat melakukannya dengan

   conda env update --name spatialdata-workshop --file environment.yaml --prune

Mengunduh data

1. Aktifkan lingkungan seperti yang dijelaskan di atas

   conda activate spatialdata-workshop

2. Jalankan perintah berikut untuk mengunduh data

    # download the raw data
   python download.py --data_dir data raw visium
   python download.py --data_dir data raw visium_hd
   python download.py --data_dir data raw xenium
   
   # download some already processed data
   python download.py --data_dir data zarr merfish

Catatan tentang data:

• Kumpulan data telah diproses secara manual untuk mengurangi ukuran file, dengan menghapus data tertentu, metadata atau mengurangi beberapa ukuran gambar. Karena ukurannya yang diperkecil, kumpulan data tidak mewakili data asli, maupun teknologi yang digunakan untuk membuat profilnya. Oleh karena itu, data tersebut tidak boleh digunakan untuk contoh ilmiah atau perbandingan antar teknologi.
• Kumpulan data MERFISH berasal dari prototipe pipa MERFISH Allen Institute, dan tidak mewakili teknologi MERFISH komersial baru. Kami memilih yang pertama karena ringan dan sudah dianalisis.

Menjalankan buku catatan

1. Aktifkan lingkungan seperti yang dijelaskan di atas

   conda activate spatialdata-workshop

2. Mulai JupyterLab

   jupyter-lab

Acara

Di sini Anda dapat menemukan daftar lokakarya kami sebelumnya, termasuk buku catatan dan slide masing-masing.

• 2024/09/09: (Tim Treis) Slide buku catatan Simposium Biologi Spasial BioTrac
• 2024/09/11: (Luca Marconato) slide buku catatan lokakarya konferensi scverse
• 25/09/2024: (Wouter-Michiel Vierdag, Luca Marconato) Seri webinar 'Kemajuan dalam omics spasial' EBI; (Luca Marconato) Slide buku catatan FoG Live
• 22/10/2024: (Luca Marconato) BIOINFO 2024, slide buku catatan Gyeongju (Korea Selatan)