append() está precedido por el objeto que se va a seleccionar, seguido del contenido del elemento que se va a insertar en el objeto.
El frente de appendTo() es el contenido del elemento que se insertará y es un objeto Jquery, y este último es el objeto que se seleccionará.
Ejemplo:
$('#a').append('contenido');
$('<div>content</div>').appendTo($('#a'));
Tenga en cuenta que appendTo debe ir precedido de un objeto Jquery.
El método appendChild(Node) generalmente agrega un nodo después del último nodo secundario del nodo del elemento especificado.
Pero si Node es un objeto DOM en la página, entonces está agregando el nodo o moviendo el nodo directamente.
appendChild puede entenderse como mover un elemento. Si quieres hacer una copia del pasado, debes clonarlo previamente.