DiffPALM

Diffpalm

Paralog -Matching -Methode, die in „Paarung interagierender Proteinsequenzen unter Verwendung maskierter Sprachmodellierung“ beschrieben wurde (Lupo, Sgarbossa und Bitbol, ​​2023). Das hier verwendete MSA -Transformatormodell wurde in (Rao El al, 2021) eingeführt.

Installieren

Klonen Sie dieses Repository auf Ihrem lokalen Computer, indem Sie den Stammordner ausführen und bewegen. Wir empfehlen, eine dedizierte virtuelle Umgebung von Conda oder Virtuellenv Python zu erstellen und zu aktivieren.

git clone [email protected]:Bitbol-Lab/DiffPALM.git

und bewegen Sie sich in den Wurzelordner. Wir empfehlen, eine dedizierte virtuelle Umgebung von Conda oder Virtuellenv Python zu erstellen und zu aktivieren. Machen Sie dann eine bearbeitbare Installation des Pakets:

python -m pip install -e . 

Wie man benutzt

Siehe das Notizbuch _example_prokaryotic.ipynb für ein Beispiel für eine gepaarte MSA-Optimierung bei bekannten prokaryotischen Datensätzen, für die die Genomnähe die Genomnähe ergeben.

Zitat

Unsere Arbeit kann mit dem folgenden Bibtex -Eintrag angeführt werden:

 @article { lupo2023pairing ,
  title = { Pairing interacting protein sequences using masked language modeling } ,
  author = { Lupo, Umberto and Sgarbossa, Damiano and Bitbol, Anne-Florence } ,
  year = { 2023 } ,
  journal = { bioRxiv } ,
  doi = { 10.1101/2023.08.14.553209 }
}

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