الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

Drughive: تصميم المخدرات القائم على الهيكل مع نموذج توليني هرمي عميق

هذا المستودع هو التنفيذ الرسمي لـ Drughive ، وهو جهاز تلقائي متغير هرمي عميق تم تطويره لتصميم الأدوية القائم على الهيكل. ورقة jcim.

تثبيت

1. التبعيات

تم اختبار الرمز في البيئة التالية:

برمجة إصدار
بيثون 3.9.16
كودا 11.6
OpenBabel 3.1.1
Pytorch 1.12.1
بايتورش البرق 2.0.0
rdkit 2021.09.5

تثبيت عبر كوندا

تثبيت التبعيات باستخدام المتطلبات المدرجة في requirements.txt : 

conda create -n drughive -c conda-forge -c pytorch -c nvidia -c rdkit --file requirements.txt

2. git استنساخ المستودع 

git clone https://github.com/jssweller/DrugHIVE

أخذ العينات

نماذج مدربة مسبقا

يمكن تنزيل الأوزان النموذجية التي تم تدريبها من Zenodo: 

wget -P model_checkpoints/ https://zenodo.org/records/12668687/files/drughive_model_ch9.ckpt

جيل يجند

لعينة من Drughive ، قم أولاً بضبط المعلمات في ملف تكوين مثال generate.yml . ثم ، قم بتشغيل الأمر التالي: 

python generate_molecules.py config/generate.yml

لعينة من السابق ، قم بتعيين zbetas: 1. في ملف التكوين.
لعينة من الخلفي ، قم بتعيين zbetas: 0. في ملف التكوين.
لأخذ عينات بين السابق والخلفي ، اضبط قيم zbetas بين 0. و 1. .

تعديل البنية التحتية (قفز السقالة)

لإنشاء جزيئات مع تعديل البنية التحتية ، قم أولاً بتعديل المعلمات في ملف تكوين مثال generate_spatial.yml . ثم ، قم بتشغيل الأمر التالي: 

python generate_molecules.py config/generate_spatial.yml

التحسين يجند

تثبيت Quickvina 2

قبل تشغيل عملية التحسين ، يجب تثبيت أداة الإرساء Quickvina 2:

  • قم بتنزيل (أو ترجمة) أداة الإرساء QuickVina2 من https://qvina.github.io
  • ضع qvina2.1 في DrugHIVE/ أو في دليل مدرج في متغير PATH الخاص بك (على سبيل المثال ، /usr/bin/ )

تشغيل التحسين

لتحسين الجزيئات مع drughive ، قم أولاً بضبط المعلمات في ملف تكوين مثال generate_optimize.yml . ثم ، قم بتشغيل الأمر التالي: 

python generate_optimize.py config/generate_optimize.yml

تمرين

1. قم بتنزيل مجموعة بيانات PDBBIND

قم بتنزيل واستخراج مجموعة البيانات المكررة PDBBIND من http://www.pdbbind.org.cn/

2. قم بتنزيل جزيئات الزنك

قم بتنزيل جزيئات الزنك من https://zinc20.docking.org/ في تنسيق SDF أو Mol2. ضعها في دليل واحد.

3. معالجة مجموعات البيانات للتدريب

لمعالجة مجموعة بيانات PDBBIND ، قم بتشغيل: 

python process_pdbbind_data.py < path/to/PDBbind/directory >

لمعالجة مجموعة بيانات الزنك ، قم بتشغيل: 

python process_zinc_data.py < path/to/ZINC/directory > -o data/zinc_data/zinc_data.h5 -ext < file_extension >

هنا ، يمكن أن يكون <file_extension> أحد sdf أو mol2 .

4. تشغيل التدريب

أولاً ، اضبط معلمات التدريب في ملف تكوين config/train.yml مثال. تأكد من تعيين data_path_pdb و data_path_zinc على مواقع مجموعات البيانات الخاصة بك. ثم ، قم بتشغيل الأمر التالي: 

python train.py config/train.yml
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل